Наиболее популярные IDE для написания прошивок для микроконтроллеров Atmel и их краткое описание.
Инструкция по настройке Eclipse для AVR в Linux
Базовые понятия микроконтроллеров, которые помогут в дальнейшем (при желании) освоить процесс создания своих собственных устройств.